Prowadzenie bonsai z sadzonek jest również przedsięwzięciem długotrwałym i wymagającym dużo cierpliwości. Jednak zapewnia rok wyprzedzenia w stosunku do bonsai z siewek. Sadzonki są to gałązki bez korzeni, odcięte ze zdrowych roślin macierzystych i wsadzone do ziemi dla ukorzenienia. Dla drzew iglastych odpowiedni okres do sadzonkowania przypada na początek września lub na kwiecień. Sadzonki z roślin liściastych najlepiej ciąć od początku do końca czerwca. Aby uzyskać szybkie ukorzenienie, można zanurzyć koniec sadzonki w odpowiednim hormonie (np. Wurzelfix).

Ukorzenienie drzew liściastych następuje po kilku tygodniach. U drzew iglastych może to trwać ponad rok. Jako pojemnika dla sadzonek używamy najlepiej miniszklarni z tworzywa sztucznego. Dolną skrzynkę wypełniamy do trzech czwartych wysokości mieszanką piasku z torfem i w równomiernych odległościach umieszczamy sadzonki w ziemi. Następnie ostrożnie podlewamy z konewki o drobnym sitku i nakładamy górną część pojemnika.

Na siedlisko wybieramy cieniste miejsce i codziennie kontrolujemy równomierną wilgotność. W razie potrzeby trzeba roślinki ponownie podlać. Gdy na sadzonkach pojawią się nowe liście (prawdopodobnie po kilku tygodniach), jest to znak, że już wytworzyły się korzenie. Teraz można nieco podnieść szklaną pokrywę, żeby młode rośliny się trochę zahartowały i przyzwyczaiły do normalnego klimatu. Po kilku miesiącach sadzonki są już dobrze ukorzenione i można je przesadzać tło oddzielnych doniczek. W tym celu używamy luźnej ziemi zawierającej glinę. Nie potrzeba od razu nawozić, gdyż świeża gleba zawiera dostatecznie dużo substancji odżywczych.

Dla przezimowania trzeba zatroszczyć się o specjalną ochronę, ponieważ delikatne korzenie nie wytrzymają jeszcze długiego mrozu. Należy roślinki dobrze wkopać i przykryć kilkoma warstwami folii, szczelnie chroniąc przed wiatrem.

Nie każda roślina drzewiasta da się rozmnażać z sadzonek. Nie uzyskamy w ren sposób na przykład cedru ani sosny. Rozmnaża się je wyłącznie z nasion. Natomiast bardzo szybko z sadzonek powstaną wiązy, a także większość roślin używanych na żywopłoty, takie jak: ligustr, grab, klon polny, berberys i karłowaty wiąz.