Formowanie bonsai z nasion jest najżmudniejszym sposobem kształtowania. Aby z nasienia uzyskać roślinę nadającą się do użycia na bonsai, minie 12-15 lat. Tyle lat ma już wiele roślin drzewiastych, które można kupić w centrum ogrodniczym. Po co więc taka żmudna droga?

Bywają takie drzewa, które swój optymalny kształt zyskują tylko wówczas, gdy są prowadzone od samego początku, na przykład wiązy przewidziane na formę całkowicie wyprostowaną. Trzeba na nich zaplanować cięcia w obrębie korzeni. Już w pierwszym roku powinno się młode drzewka regulować cięciem. Po około 20 latach widać wyraźnie, że były one wcześnie formowane. Widać to przede wszystkim w ułożeniu korzeni. Wszystkie korzenie powierzchniowe rozchodzą się gwiaździście od pnia, a pnie są bardzo dobrze uformowane.

W układzie zwraca uwagę harmonijne rozprzestrzenienie. Proporcja wysokości pnia do wysokości korony tworzy wyważony stosunek przestrzenny Wszystkie te zalety zawdzięczamy hodowli od nasienia. Jednoroczne lub dwuletnie siewki drzew iglastych dają się wspaniale giąć i formować. U wszystkich iglaków o szorstkiej korze drut powinien wrastać na swą grubość, co zgiętemu i poranionemu pniu nadaje efekt blizn, które szybko zarastają na bardzo młodym materiale roślinnym. Na przykład dwuletnie sosny czarne można zimą zgiąć bardzo głęboko, co da się robić tylko na siewkach. Można pozwolić wrosnąć drutowi i usunąć go dopiero po trzech latach, bez obawy że uszkodzimy roślinę. Później można odrutować roślinę na nowo z tym samym efektem zabliźnień.

Gdy roślina dojrzała na tyle, że po 4-5 latach nadaje się do wystawienia jako bonsai, w żadnym wypadku nie może mieć wrośniętego drutu. Ponieważ starsze rośliny niewiele już rosną na grubość i wrośnięty drut będzie zarastał bardzo słabo, dopiero po dziesiątkach lat znikną ostatnie blizny.
Zbieranie samemu nasion drzew jest czynnością radosną i pełną niespodzianek. Na spacerze w parku można odkrywać ciągle nowe gatunki nasion. Nie znaczy to jednak, że wszystkie nasiona będzie można wykorzystać do bonsai. Drzewa o dużych liściach, takie jak platany lub kasztanowce, są mniej warte polecenia. Ale i one znajdują amatorów. Gdy jesienią zbieramy nasiona do bonsai, można je posiać w misie dla siewek lub do bonzai. Trzeba przy tym zwrócić
uwagę, że bywają nasiona, które aby wykiełkować, muszą najpierw dobrze przemarznąć. Są to nasiona o twardych okrywach, roślin takich jak: wiśnia, tarnina, głóg, leszczyna czy jałowiec. Kładziemy je w płaskim naczyniu na wilgotnym piasku i przykrywamy następną warstwą piasku. Naczynie przykrywamy folią, żeby nasiona nie wyschły. Następnie wystawiamy je na dwór (chroniąc przed słońcem) i zostawiamy na całą zimę, żeby mróz skruszył twardą okrywę nasienną.
Na wiosnę kiełkują pierwsze nasiona. Nie wszystkie jednak wzejdą. Nie należy ich wyrzucać, lecz spróbować wykorzystać za rok. W zamrażalniku lodówki można osiągnąć sztuczny okres przemarzania.
Nasiona o miękkiej okrywie można częściowo siać już jesienią po zbiorze. Nasiona kosodrzewiny można zbierać w sierpniu i siać natychmiast. Kiedy wykiełkują po 3-4 tygodniach, trzeba je zakopać w pojemniku, zapobiegając wyschnięciu delikatnych siewek w czasie zimy.
Większość naszych rodzimych klonów kiełkuje jeszcze w roku zbioru. Można się nimi zająć w następujący sposób:
Nasiona rozrzucamy w płaskim naczyniu wypełnionym wilgotnym piaskiem. Następnie spryskujemy wodą. Przykrywamy papierem gazetowym, żeby utrzymać wilgoć i żeby trochę światła przedostawało się przez gazetę, gdyż klony do kiełkowania wymagają światła. Pierwsze siewki kiełkują już w trakcie łagodnej zimy. Na wiosnę, gdy siewki trochę zdrewnieją, można je ostrożnie sadzić w małe doniczki, a latem przycinać do odpowiedniego kształtu.