W okresie Edo (1603-1868), za czasów panowania rodu Tokugawa, sztuka miniaturyzacji drzew i krzewów, zwana wtedy hachiue, stała się znana całemu społeczeństwu Japonii. Totalitarnie rządzone społeczeństwo szukało ucieczki od trosk życia codziennego i ograniczeń życia społecznego między innymi w uprawie miniaturowych drzew i krzewów. Propagatorem tej sztuki był chiński urzędnik Chu Shun-sui, który w roku 1644 przywiózł tu fachową literaturę. Do czasów dzisiejszych rośnie przy cesarskim pałacu w Tokio bonsai uformowane w pierwszej połowie XVII wieku z sosny drobnokwiatowej przez lemitsu, trzeciego shoguna z rodu Tokugawa. Prawdopodobnie jest to najstarsze bonsai w Japonii.
Ilustracje miniaturowych drzew z okresu Edo wskazują na mistrzowski kunszt ich twórców. Na jednej z ilustracji jest pokazana ukorzeniona gałąź wawrzynka prowadzona jako drzewko. Na innej pokazano cienkie gałązki żywotnikowca japońskiego przeszczepione na cyprysik groszkowy. Nie jest to wynik tylko ekscentrycznych pomysłów, lecz przede wszystkim olbrzymiej wiedzy ogrodniczej, długich lat doświadczeń oraz niezwykłego poczucia piękna. Właśnie piękno zawarte w miniaturowych drzewkach spowodowało, że zaczęto w stosunku do nich używać nazwy bonsai w odróżnieniu od hachiue -oznaczającej zwykłą roślinę doniczkową.
W różnych dziedzinach sztuki japońskiej, łącznie z bonsai, zauważyć można wpływ podstawowych kanonów piękna, którymi kierują się Japończycy, a mianowicie wabi – celowego ubóstwa środków, pozwalających na zrozumienie sensu życia i podziwu dla najprostszych form natury, oraz sabi – wytwornej prostoty we wszelkiej twórczości.