Styl bonsai, czyli forma, jaką nadamy drzewku, zależy głównie od cech posiadanego materiału roślinnego. Oceniając drzewko należy wziąć pod uwagę, czy cechy gatunkowe i odmianowe roślin pasują do planowanego stylu. Zdecydować się trzeba na taki styl, którego uformowanie wymagać będzie jak najmniejszej liczby drastycznych zabiegów.

Formując bonsai w tradycyjnych stylach wykorzystuje się cechy gatunkowe roślin występujących na Dalekim Wschodzie. Są to między innymi: sosna drobnokwiatowa (Pinus parviflora), sosna Thunberga (Pinus thunbergii), jałowiec chiński (Juniperus chi-nensisj, jałowiec sztywny (Juniperus rigida), świerk ajański (Picea jezoensis), klon palmowy (Acer palmatumj, brzostownica japońska (Zelkova serrata) i azalia japońska (Azalea japonica). Regułą jest jednak adaptowanie drzew i krzewów występujących w krajach, gdzie sztuka bonsai dopiero staje się popularna. Tak się dzieje na przykład w Stanach Zjednoczonych, gdzie mimo łatwości nabycia importowanych z Japonii sadzonek, twórcy tworzą nowe, oryginalne style wykorzystując miejscowe gatunki drzew i krzewów.

Symetria, wyważenie kompozycji i zachowanie właściwych proporcji są elementami, którymi posługują się twórcy miniaturowych drzewek.

Zachowanie symetrii nie jest zalecane przy formowaniu bonsai, nie odpowiada ona japońskiemu poczuciu piękna. Rzadko występuje w przyrodzie i równie rzadko stosuje się ją w sztuce bonsai. Mogą ją stosować jedynie początkujący twórcy, dla których stanowi wstęp do bardziej skomplikowanych i dojrzalszych form. Asymetryczność bonsai powoduje, że dużą rolę odgrywa takie uformowanie rośliny, aby sprawiała ona wrażenie stabilnej, mocno utrzymującej się w podłożu. Szczególnie ważne jest to we wszystkich bonsai z pochylonym pniem.

W tradycyjnej sztuce bonsai niezmiernie istotne jest zachowanie odpowiednich proporcji między wysokością, na jakiej wyrasta najniższa gałąź, a wysokością drzewka, między średnicą nasady pnia a wysokością drzewka oraz między wielkością drzewka a wielkością pojemnika.

Przy obliczaniu wysokości, na jakiej należy uformować najniższą gałąź, amerykańscy mistrzowie bonsai posługują się ciągiem liczb Fibonacciego. Ciąg taki charakteryzuje się tym, że każda liczba (z wyjątkiem dwu pierwszych) jest sumą dwu liczb poprzednich, czyli: 1,1, 2, 3, 5, 8, 13, 21, 34, 55 itd.