Odpowiednie podlewanie bonsai wymaga pewnego doświadczenia. Dostarczanie wody w nieregularnych odstępach niczemu nie służy. Trzeba się przyzwyczaić, że podlewamy wówczas, gdy roślina rzeczywiście potrzebuje wody. Przy tym każde drzewko musi być podlewane indywidualnie.

Ilość wody zależy od następujących czynników:
•    miejsca, w którym roślina stoi,
•    pory roku,
•    pogody.

W czasie wilgotnej pogody nie musimy podlewać. Nigdy nie należy podlewać wilgotnej ziemi. Powierzchnia ziemi powinna wyschnąć do następnego podlewania. Bonzai wytrzymuje bardzo dobrze okresy deszczu w czasie lata.

Problemy mogą pojawić się podczas utrzymujących się deszczów wiosennych i jesiennych. Są to okresy o niskich temperaturach powietrza i niewielkim wzroście roślin. Wówczas warto drzewa wrażliwe na wilgoć, takie jak na przykład klony, przykrywać folią.

W tych porach roku, kiedy rośliny potrzebują niewiele wody, nie należy ich w ogóle podlewać. Regularnie podlewamy dopiero na wiosnę, gdy rośliny naprawdę wypuszczą pędy. Latem porą odpowiednią do podlewania jest czas zaraz po wschodzie słońca lub na krótko przed zachodem. Podczas prażącego słońca nigdy nie należy lać wody na liście, ponieważ powstaną na nich plamy oparzeń i będą brzydko wyglądać. Również jakość wody odgrywa ważną rolę dla bonsai. Z reguły woda wodociągowa nie nadaje się do podlewania roślin, ale jest wystarczająco dobra do rodzimych bonsai, jeśli tylko nie będzie lodowato zimna i czerpana bezpośrednio i wodociągu. Duża zawartość wapnia w wodzie może zniszczyć posadzone mchy.
Kto ma sadzawkę ogrodową, powinien tej wody używać do podlewania. Ma ona odczyn obojętny, nie zawiera wapnia i ma ważne składniki odżywcze i elementy śladowe bardzo potrzebne dla bonsai. Dla azalii i wrzosów można dostosować wodę wodociągową w ten sposób, że nalewamy ją do beczki, dodajemy wiadro tortu i zostawiamy na cały dzień. Uzyskamy w fen sposób wodę znakomicie nadającą się dla wszystkich roślin.

Jeżeli mamy tylko niewiele roślin, można je wstawić do płaskiej wanienki: wodą i poczekać, aż bryła korzeniowa bonsai nią nasiąknie. Przy większych kolekcjach trzeba podlewać wężem ogrodowym lub konewką. Podczas podlewania nie należy lać wody na całą roślinę, lecz tylko na bryłę korzeniową, pod gałęziami i liśćmi. Służy do tego konewka z długim dzióbkiem i drobnym sitkiem.