Bonsai z naszych rodzimych drzew potrzebuje rytmu pór roku, a więc także zimy przynoszącej ze sobą opadanie liści, okresu spoczynku i silnego wypuszczania nowych pędów. Ponieważ drzewka bonsai nie są głęboko ukorzenione w glebie, lecz rosnąc w płaskich misach, ze wszystkich stron narażone są na mrozy, a często jeszcze bardziej na niebezpieczne promieniowanie zimowego słońca, nie powinny więc pozostawać na swym letnim miejscu, lecz ram, gdzie będą ochronione. Nadaje się do tego chłodna szklarnia lub grządka inspektowa z przykrywą, ale najlepiej zbudowany przez nas tunel foliowy, z białej folii, który zimą nie rozgrzewa się pod wpływem promieni słonecznych i nie pobudza roślin do wzrostu.

Zanim bonsai przeniesiemy na zimową kwaterę, sprawdzamy, czy nie ma uszkodzonych korzeni. Ostrożnie usuwamy korzenie martwe i roślinę wsadzamy do większego naczynia z niewielką ilością świeżej gleby.

Wszystkie bonsai należy przed zimowaniem jeszcze raz silnie podlać lub zanurzyć w beczce z wodą i poczekać, aż przestaną wypływać na powierzchnię pęcherzyki powietrza. Ten zapas wody przeważnie wystarcza na całą zimę, gdy grządka zimowa nie jest ogrzewana i absolutnie uszczelniona od wiatru. Dodatkowa ochrona przed szkodnikami nie jest zimą konieczna. Jednakże podczas łagodnych zim istnieje niebezpieczeństwo, że na grządce mogą się zagnieździć karczowniki i nadgryźć drzewka. Karczowniki chętnie atakują czarną sosnę i klon polny. Dlatego warto miejsca zimowania na otwartym gruncie wyłożyć drucianą siatką i ze wszystkich stron dobrze uszczelnić.

Na wiosnę, gdy rośliny zostaną wyjęte z kwatery zimowej, może się okazać, że nie chcą wypuszczać pąków. Zwykle przyczyna leży w tym, że wstawiliśmy roślinę chorą lub za suchą, gdyż odporne na mróz rośliny przy odpowiednim zimowaniu nie marzną nawet podczas silnych mrozów.

Pierwsze prace przy bonsai po spoczynku zimowym przypadają na początek marca. Wówczas przycinamy drzewa liściaste, a drzewa iglaste tylko tam, gdzie to konieczne. Drzewa liściaste owijamy drutem. Zabiegi te można robić również w czasie zimy, wówczas należy przenieść roślinę do chłodnego pomieszczenia, ale tylko na krótko, i szybko wykonać potrzebną pracę. Po tym należy je natychmiast przenieść znowu na kwaterę zimową. W ten sposób zyskujemy lepszy podział czynności, ponieważ na wiosnę zwykle bywa dużo do zrobienia w krótkim czasie. Gdy mamy tylko małą kolekcję bonsai, tych czynności nie musimy wykonywać zimą.