W przygotowanym wcześniej pojemniku umieszczamy drzewko i dosypujemy tyle podłoża, aby jego powierzchnia znajdowała się na poziomie górnej krawędzi pojemnika. Dosypując podłoże do pojemnika nie należy ugniatać ziemi dłonią, lecz zaokrągloną na końcu pałeczką lub czubkami palców. Staramy się przy tym, aby wszystkie korzenie miały kontakt z dosypywanym podłożem. Po posadzeniu drzewka mocniej ugniatamy ziemię przy bokach pojemnika, a na powierzchnię nasiewamy cienką warstwę gliny, która zapobiegnie wymywaniu ziemi podczas podlewania i stworzy dobre warunki do rozwoju mchu.
Miejsce posadzenia drzewka w pojemniku nie jest obojętne. Twórcy bonsai ściśle przestrzegają ustalonych reguł. W pojemnikach okrągłych i kwadratowych drzewko sadzi się pośrodku, w owalnych lub prostokątnych – za dłuższą osią oraz po prawej lub lewej stronie krótszej osi.
Po posadzeniu drzewko należy obficie podlać, co spowoduje ściślejsze przyleganie podłoża do korzeni. Dobrym sposobem jest zanurzenie pojemnika z drzewkiem w wodzie, tak aby powierzchnia ziemi znalazła się pod wodą. Po kilku minutach, gdy przestaną wypływać pęcherzyki powietrza, pojemnik wyjmujemy z wody. Innym sposobem jest zanurzenie pojemnika w wodzie, lecz bez zalewania powierzchni ziemi. Po niedługim czasie gleba w pojemniku nasyci oię wodą podsiąkającą przez otwory w dnie. Dodatek witaminy B, rozpuszczonej w wodzie (0,003 g/l wody) złagodzi szok związany z przesadzaniem. Przesadzać należy w miejscu zacienionym i bezwietrznym. Zakupione drzewka lub krzewy, których nie zdążymy posadzić w dniu zakupu, trzeba zadołować w wilgotnej ziemi i chronić przed słońcem, mrozem i wiatrem.