Metodą dającą efekt podobny do opisanego wyżej jest sadzenie roślin w otworach przechodzących na wylot kamienia. Otwory te, o średnicy 4-10 cm, powinny być wypełnione mieszanką glebową używaną do sadzenia bonsai. W dolnej części otworu mocuje się siatkę miedzianą, na którą sypie się drenażową warstwę żwiru. Zastosowanie tej metody zapewnia lepszy rozwój drzewek.
Inną odmianą bonsai w stylu skalnym jest drzewko oplatające swymi korzeniami odłamek skalny leżący na płaskim pojemniku wypełnionym mieszanką glebową. Korzenie drzewka są w tym wypadku wyeksponowane na kamieniu, a pobierają wodę i substancje pokarmowe z podłoża, na którym leży skała. Widok korzeni – na pozór starych, o ciekawych, dopasowanych do kształtu kamieni formach – sprawia, że takie bonsai jest bardzo interesujące.
Drzewko oplatające korzeniami skałę można uformować najszybciej, jeśli posiadamy roślinę o odpowiednio długich korzeniach. W takim przypadku ustawiony w pojemniku kamień pokrywamy cienką warstwą podłoża, tak jak dla drzewek sadzonych w skalnych zagłębieniach. Następnie sadzimy drzewko rozkładając korzenie we wgłębieniach i rysach kamienia. Korzenie mocujemy do kamienia za pomocą taśmy lub rafii. Drzewko wraz z kamieniem otaczamy plastykowa opaską o takiej samej wysokości co kamień i napełniamy ją torfem z piaskiem. Po 4-6 miesiącach, gdy roślina wytworzy nowe korzenie w podłożu pojemnika, usuwamy opaskę wraz ze znajdującą się wewnątrz ziemią i odsłaniamy korzenie. Usuwamy również podłoże z powierzchni kamienia między korzeniami.
Jeśli drzewko nie ma długich korzeni, sadzimy je najpierw w drewnianą skrzynkę o bokach skonstruowanych z listewek pięcio-centymetrowej szerokości. Wysokość skrzynki powinna być równa żądanej długości korzeni. Skrzynkę wypełniamy mieszanką torfu z piaskiem, nie zapominając o warstwie drenażowej i otworach odprowadzających nadmiar wody. Co 3-4 miesiące zdejmujemy z boków skrzynki listwy górne, odsłaniając częściowo korzenie. Po wytworzeniu przez roślinę korzeni żądanej długości przesadzamy ją w sposób opisany poprzednio.
Bonsai uformowane w stylu Ishizuke należy przez 2 tygodnie po posadzeniu przechowywać w miejscu półzacienionym i zasłoniętym od wiatru. Często trzeba je spryskiwać i podlewać wodą. Warstwa mchu pokrywająca korzenie drzewek powinna być ciągle bardzo wilgotna. Pierwszy raz nawozimy drzewko po 8 tygodniach od posadzenia, stosując nawóz płynny.
W miarę upływu czasu może dojść do zachwiania proporcji między wielkością drzewek a wielkością skały, dlatego nie należy zapominać o zabiegach formowania ciągłego.
Zalecenia dotyczące przesadzania są różne, w zależności od stosowanej metody sadzenia. Drzewek rosnących w skalnych zagłębieniach nie przesadza się nigdy, ani nie przycina ich korzeni. Co kilka lat podnosi się jedynie warstwę mchu i uzupełnia glebę wypłukaną na skutek podlewania z góry. Drzewka rosnące w otworach przechodzących na wylot kamienia okresowo się przesadza i przycina ich korzenie, tak jak w innych bonsai. Drzewko oplatające kamień korzeniami przechodzącymi do gleby w pojemniku przesadzamy, pamiętając jednak o tym, że podczas tego zabiegu nie można oddzielać korzeni od kamienia.