Bonsai mogą być różnej wielkości. Najmniejsze mają tylko 8 cm wysokości, ale bywają również okazałe drzewa dochodzące do 130 cm. Przy tym nigdy nie jest tak, że młode są małe, a stare duże.

Docelowa wielkość drzewka bonzai powinna być zaplanowana już na początku formowania. Przeważnie najważniejsze gałęzie, tzw. wiodące, powinny znajdować się co najmniej w zalążku, i one są współodpowiedzialne za styl, w jakim da się bonzai ukształtować. Wprawdzie z biegiem lat drzewko urośnie o kilka centymetrów, ale jego wzrost w znacznej mierze ograniczy się do wypełniania i zagęszczania założonej formy. Idealna wielkość bonsai zależy przede wszystkim od wielkości liści. Drzewa o małych liściach mogą być formowane do każdego wymiaru. U drzew o dużych liściach lub długich igłach, brane są pod uwagę średnie wielkości, aby mogły utrzymać wierność założonej skali. Tak więc na przykład kasztanowce, aby wyglądać harmonijnie, muszą mieć wielkość w granicach 1,20—1,50 cm.

Drzewa odpowiednie dla bonzai określonych wielkości

•    8-20 cm: jałowiec, irga, różanecznik, świerki,

•    20-30 cm: berberys, klon polny, klon trójklapowy, dereń, kosodrzewina o krótkich igłach,

•    30-70 cm: brzoza, leszczyna, sosna, klon jesionolistny, wiąz,

•    60-100 cm: buk. dąb, bez czarny, jawor, klon pospolity, sosna czarna, modrzew, lipa, jesion, klon jesionolistny,

•    100-130cm: platan, kasztanowiec,sosna czarna, bez czarny, grochodrzew (akacja), glicynia.

Dobrze uformowane bonzai są wyidealizowanymi i upiększonymi drzewami w małym formacie. Aby odpowiednio dopasować się do formy i stylu, trzeba wiedzieć, jakiemu drzewu można nadać jaki kształt. Nie można na przykład : sosny o długich igłach uformować małego drzewka bonzai, zachowując jeszcze odpowiednie proporcje, bowiem bonzai o wysokości 15 cm i igłach długości 8-10 cm będzie wyglądać nieproporcjonalnie. Istnieją takie formy i charaktery bonzai, do prowadzenia których początkujący ogrodnik jeszcze nie dorósł. Dlatego warto wybierać formy, które są łatwo osiągalne, a przy rym ładnie wyglądają. Są to w pierwszym rzędzie drzewka rosnące prosto lub trochę pochyło albo są lekko skręcone. Osoby początkujące nie powinny kształtować form skomplikowanych, dziwacznych i przesadnie dynamicznych.

Skomplikowane bonzai możemy formować dopiero wówczas, gdy zdobędziemy więcej doświadczenia i wyczucia formy. Nie zdobywa się go wyłącznie z fachowych książek i czasopism, lecz w drodze wieloletniej praktyki na żywym materiale. Tworzenia bonzai uczymy się bowiem przez jego kształtowanie.

Często jesteśmy pytani, czy do formowania bonzai używa się starych drzew. Wiek bywa niekiedy przeceniany. Tylko młode bonzai mogą wyglądać pięknie, gdyż mają dobrze zharmonizowane ułożenie gałęzi i pięknie wykształcony pień. Nie trzeba więc koniecznie używać starych drzew. Bywają jednak formy bonzai, których nie uzyska się z młodych roślin. Należą tu formy o rozszczepionym pniu lub złuszczonych gałęziach oraz niezwykle dziwacznych kształtach. W naturze drzewa podlegają działaniu wiatru i pogody. Tutaj my kształtujemy naturę.